Voda je pro každou zahradu klíčová. Její stabilní a ekologický zdroj hledala trojská botanická už od svého založení na konci šedesátých let minulého století. Již tehdy se jako ideální a nevyčerpatelný zásobník jevila nedaleko protékající řeka Vltava. Nicméně čerpání vody do trojské stráně bylo technicky i finančné náročné. Otázky nutné technologie i financí se podařilo vyřešit teprve nedávno. Stavba vodovodu, čerpací stanice i rezervpáru vody byla zahájena v loňském roce. Již letos se na nově vybudovaný vodovod napojí severní část venkovních expozic a od roku 2021 se bude celý areál zalévat výhradně vodou čerpanou z Vltavy.