Často se vyskytující patogeni obilovin a kukuřice jsou po delší fermentaci a následném skladování digestátu zcela inaktivováni, karanténní škodlivé organismy bramboru však pobyt v zařízení na výrobu bioplynu přežívají.

Vakcinace proti bluetongue není podle analýzy švýcarských expertů odpovědná za výskyt potratů a dalších zdravotních komplikací u očkovaných dojnic.